মাদ্রাসা শিক্ষা অধিদপ্তর কারিগরি ও মাদ্রাসা শিক্ষা বিভাগের আওতাধীন মাদ্রাসা শিক্ষা অধিদপ্তর একটি নবসৃষ্ট সরকারি প্রতিষ্ঠান। ২০১৫ সালের আগস্ট মাস হতে কাকরাইলের জাতীয় স্কাউট ভবনে সম্পূর্ণ ভাড়া অফিসে এ দপ্তরের কার্যক্রম শুরু হয় । স্বল্প পরিসরে অফিস কার্যক্রম ঠিকমত পরিচালিত না হওয়ায় এবং কর্মকর্তাদের পর্যাপ্ত ব্যবস্থা না থাকায় বর্তমানে "গাইড হাউস (৭ম এবং ১০ম তলা ), নিউ বেইলি রোড, ঢাকা-১০০০" ভাড়ার ভিত্তিতে এ দপ্তরের কার্যক্রম চলছে । মাদ্রাসা শিক্ষা অধিদপ্তরের মাধ্যমে ৭৯৫৪ টি এমপিও ভূক্ত মাদরাসায় ১,৫০,৮০০ জন শিক্ষক ও কর্মচারীদের প্রতি মাসে বেতন ও ভাতা দেয়া হচ্ছে। এছড়াও ১৫১৯ টি স্বতন্ত্র ইবতেদায়ী মাদ্রাসা ৪,৫২৯ জন শিক্ষকদের অনুদান দেয়া হচ্ছে। এই বিপুল সংখ্যক মাদ্রাসার শিক্ষার্থী এবং শিক্ষকদের প্রশাসনিক এবং একাডেমিক বিষয়ে মনিটরিং এর সার্বিক দায়িত্ব মাদ্রাসা শিক্ষা অধদিপ্তরের। এ অধিদপ্তরের প্রশাসনিক অধিক্ষেত্র সমগ্র বাংলাদশ। এমপওি ভূক্তকরণ, শিক্ষক এমপওি ভূক্তকরণসহ মাদ্রাসা শিক্ষার একাডেমিক এবং কাঠামোগত উন্নয়নের ব্যাপারে মন্ত্রণালয়কে পরার্মশ দেয়া এবং প্রয়োজনীয় উদ্যোগ গ্রহণ করা অধিদপ্তরের প্রধান কাজ। বর্তমানে মেমিস এর মাধ্যমে অনলাইন পদ্ধতিতে এমপিওভুক্ত মাদ্রাসার শিক্ষক-কর্মচারীদের এমপিও (বেতন-ভাতা) আবেদন দ্রুতসময়ে প্রক্রিয়াকরণ ও সরাসরি শিক্ষক-কর্মচারীদের ব্যাংক অ্যাকাউন্টে প্রদান/বিতরণ নিশ্চিতকরণ করা হয়।